فإنه بعد مقدم النبي صلى الله عليه وسلم المدينة كان يزور الأنصار والمهاجرين في بيوتهم أو مساجدهم وكان من عادته  صلى الله عليه وسلم أن يصلي في أي مكان ينزل فيه غالبا  وقد ورد في التاريخ جملة أماكن صلى فيها النبي صلى الله عليه وسلم غير المسجد النبوي إما قصدا وإما اتفاقا لحضور وقت صلاة وهذه الأماكن  تتبعها عمر بن عبد العزيز فبنى على كل مكان صلى فيه النبي صلى الله عليه وسلم مسجدا وكان عددها 100مسجد في عهده رحمه الله وقد بقي من هذه المساجد بعضها واندثر بعضها مع مرور الزمن وسنتحدث عن المساجد القائمة العين في وقتنا الحاضر ونذكر بعض المندثر منها إن شاء الله لأن له تعلق ببعض الغزوات .
فنبدأ بأول مسجد بناه النبي صلى الله عليه وسلم حين قدم المدينة ألا وهو مسجد قباء وعرف المسجد بقباء نسبة إلى المنطقة التي بني فيها وهي منطقة قباء بضم القاف والتي سميت باسم بئر فيها 
ومسجد قباء هو المعني بقوله تعالى "لمسجد أسس على التقوى من أول يوم أحق أن تقوم فيه" وَفِي قَوْلِهِ سُبْحَانَهُ { مِنْ أَوّلِ يَوْمٍ } وَقَدْ عُلِمَ أَنّهُ لَيْسَ أَوّلَ الْأَيّامِ كُلّهَا ، وَلَا أَضَافَهُ إلَى شَيْءٍ فِي اللّفْظِ الظّاهِر   [ فَتَعَيّنَ أَنّهُ أُضِيفَ إلَى شَيْءٍ مُضْمَرٍ ] فِيهِ مِنْ الْفِقْهِ صِحّةُ مَا اتّفَقَ عَلَيْهِ الصّحَابَةُ مَعَ عُمَرَ حِينَ شَاوَرَهُمْ فِي التّارِيخِ فَاتّفَقَ رَأْيُهُمْ أَنْ يَكُونَ التّارِيخُ مِنْ عَامِ الْهِجْرَةِ لِأَنّهُ الْوَقْتُ الّذِي عَزّ فِيهِ الْإِسْلَامُ وَاَلّذِي أُمّرَ فِيهِ النّبِيّ - صَلّى اللّهُ عَلَيْهِ وَسَلّمَ - وَأَسّسَ الْمَسَاجِدَ ،وَعَبَدَ اللّهَ آمِنًا كَمَا يُحِبّ ، فَوَافَقَ رَأْيَهُمْ هَذَا ظَاهِرُ التّنْزِيلِ
وهو أول مسجد أسس على التقوى بعد النبوة،
فبعد قدوم النبي صلى الله عليه وسلم المدينة نزل في قباء على شيخ بني عمرو بن عوف  كلثوم بن الهِدْم رضي الله عنه وكان له مربد فأخذه النبي صلى الله عليه وسلم وبنى مسجد قباء وكان رسول الله صلى الله عليه وسلم حين بنى مسجد قباء ، أتى بالحجر قد صهره إلى بطنه فيضعه ، فيأتي الرجل يريد أن يقله فلا يستطيع ، حتى يأمره أن يدعه ويأخذ غيره ومعنى صهره وأصهره إذا ألصقه بالشيء ،وكانت قبلته لبيت المقدس ثم لما حولت القبلة إلى الكعبة أعاد النبي صلى الله عليه وسلم بناءه وكان جبريل يؤم به البيت وكان يقول صلى الله عليه وسلم إنه أقوم مسجد قبلة
وكان عبدالله بن رواحة يرتجز أثناء البناء فيقول (أفلح من يعالج المساجدا فقال رسول الله صلى الله عليه وسلم المساجدا فقال عبد الله ويقرأ القرآن قائما وقاعدا فقال رسول الله صلى الله عليه وسلم قاعدا فقال عبد الله ولا يبيت الليل عنه راقدا فقال رسول الله صلى الله عليه وسلم راقدا)
كان مسجد قباء على سبع أساطين، وكانت له درجة لها قُبَّة يؤذَّن فيها يقال لها: النعامة، حتى زاد فيه الوليد بن عبدالملك.
مؤذنه : كان سعد القرظ  يتولى مهمة الأذان في مسجد قباء
إمامه : وكان إمام مسجد قباء  سعد بن عبيدة في زمن النبي صلى الله عليه وسلم، وأبي بكر وعمر رضي الله عنهما  الذي جمع القرآن على عهد النبي صلى الله عليه وسلم. ، وتوفي في زمن عمر، فأمر عمر مجمع بن جارية أن يصلي بهم، وروي أن سالما مولى أبي حذيفة كان يؤمهم فيه أيضا
فضله:ــ عن أسيد بن ظهير الأنصاري رضي الله عنه عن النبي صلى الله عليه وسلم قال: ((الصلاة في مسجد قباء كعمرة))  ، وعن سهل بن حنيف رضي الله عنه قال رسول الله صلى الله عليه وسلم: ((من تطهر في بيته ثم أتى مسجد قباء فصلى فيه صلاة كان له كأجر عمرة)) .
وكان النبي صلى الله عليه وسلم يأتي قباء راكباً وماشياً، فيصلي فيه ركعتين . 
وقد مر المسجد بعدد من التجديدات والتوسعات بعد بناء النبي صلى الله عليه وسلم له وكان أولها في عهد أمير المؤمنين سيدنا عثمان بن عفان رضي الله عنه وزاد فيه .كما جدده وزاد فيه عمر بن عبد العزيز في ولايته على المدينة في عهد الوليد بن عبد الملك الأموي أثناء عمارته للمسجد النبوي سنة 91-93هـ وجعل له مئذنة ورحبة وأروقة وبالغ في تنميقه، ونقشه بالفسيفساء وسقفه بالساج.
وعمره أبو يعلى الحسيني سنة 435هـ وجدده جمال الدين الأصفهاني وزير بني زنكي من حكام الموصل سنة 555هـ ثم جدد سنة 671هـ ثم جدد فيه الناصر بن قلاوون سنة 733هـ.وجدد أكثر سقفه الأشرف برسباي سنة 840هـ، وسقطت منارته سنة 877هـ فجددها قايتباي سنة 881هـ مع عمارة المسجد النبوي، وكان السلطان قايتباي قد أرسل منبراً رخاماً أبيضا للمسجد النبوي سنة 888هـ ومكث مدة فيه ثم أرسل السلطان مراد خان العثماني المنبر الموجود حالياً في مسجد رسول الله صلى الله عليه وسلم سنة 998هـ وهو من روائع الفن فأقيم في المسجد النبوي ونقل منبر قايتباي إلى مسجد قباء ثم نقل منبر قايتباي إلى مكتبة الملك عبدالعزيز ووضع بدلا عنه منبر أمر ببنائه خادم الحرمين الشريفين الملك فهد وهو الموجود فيه الآن .وذكر السيد جعفر هاشم أن السلطان محمود خان العثماني جدده سنة 1240هـ
وفي العهد السعودي قامت وزارة الحج والأوقاف بتعميره وتجديده مع الحفاظ على الطراز المعماري الإسلامي الخاص به، على يد خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز ـــ رحمه الله ـــ فقد تمت توسعة المسجد ليستوعب عشرين ألف مصلٍّ.
وفي يوم الخميس 8 صفر 1405هـ وضع الملك فهد بن عبد العزيز ـ يرحمه الله ـ حجر الأساس للبدء في التوسعة التاريخية وبعد سنتين من وضع حجر الأساس تم افتتاحه من قبل الملك فهد بن عبد العزيز ــ يرحمه الله ـــ بتاريخ 28 صفر 1407هـ.
وقد صُمم المسجد على أن يتوسطه فناء داخلي تُفتح عليه جميع المداخل، وخصص الجزء الشمالي منه مصلى للنساء، وأصبح للمسجد 4 مآذن و56 قبة، ويتبعه سكن للأئمة والمؤذنين ومكتبة وسكن للحراس مساحته 112م2 وسوق تجارية مساحتها 450م2 وبه 12 محلا، وعدد أبواب المسجد 7 أبواب رئيسة و12 بابا فرعيا.
ويعتبر مسجد قباء المسجد الثاني من ناحية أهميته بعد المسجد النبوي الشريف وهو ثاني الأماكن المشروع زيارتها في المدينة المنورة ويليه زيارة شهداء أحد والبقيع .

كتبه: عبدالغفور بن عبد الله بن محمدشفيع